معلومة

معنى "النتائج غير الأساسية" و "العلامات"


هل يمكنني أن أطلب منك المساعدة في فهم معنى "النتائج غير الأساسية" و "العلامات" في الفقرة التالية المتعلقة بـ RSeQC:

يوضح جدول النتائج العدد الإجمالي للقراءات (باستثناء النتائج غير الأساسية) والعلامات (أجزاء لصق منفصلة للقراءة). يشير إجمالي العلامات المعينة إلى عدد العلامات التي يمكن تعيينها بشكل لا لبس فيه إلى الفئات العشر المختلفة المدرجة أدناه.

مجموع القراءات 49743155
مجموع العلامات 63012643
إجمالي العلامات المخصصة 57529077
= = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = =
مجموعة Total_bases Tag_count العلامات / كيلوبايت
CDS_Exons 36821030 34763281 944.11
5'UTR_Exons 34901580 2856644 81.85
3'UTR_Exons 54908278 9772738 177.98
إنترتونات 1450606807 8468986 5.84
TSS_up_1kb 31234456 94103 3.01
TSS_up_5kb 139129272 161914 1.16.0
TSS_up_10kb 249300845 217980 0.87
TES_down_1kb 32868738 789703 24.03.003
TES_down_5kb 142432117 1368378 9.61
TES_down_10kb 251276738 1449448 5.77
= = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = =


"العلامة" مصطلح غريب في هذا السياق. كانت تعني "قراءة" ، لكن RSeQC يحب استخدامها بطريقة غريبة. لنفترض أن لديك قراءة تتماشى مع امتداد واحد متجاور (على الرغم من احتمال وجوده مع InDels) من الحمض النووي. ثم يعد هذا كعلامة واحدة. لنفترض بدلاً من ذلك أن لديك قراءة مقسمة ، أي أن جزء يتماشى مع exon وجزء إلى exon آخر. ثم يتم احتساب كل جزء تمت محاذاته من هذه القراءة كعلامة على حدة. إذن هذه القراءة الأولى تصبح علامتين. بالامتداد ، إذا كان لديك قراءة مقسمة بحيث تبدأ في exon 1 ، وتقفز إلى exon 2 ، ثم تقفز أخيرًا إلى exon 3 ، فسيتم احتسابها على أنها 3 علامات. هذا مفيد فقط إذا كنت مهتمًا بالربط ، حيث أنه كلما زادت هذه القيمة كلما تمكنت من تمييز الاختلافات هناك بشكل أفضل.

بالنسبة إلى "النتائج غير الأساسية" ، افترض أن لديك قراءة يمكن أن تتماشى بشكل جيد مع أماكن متعددة في الجينوم. إذا كانت هناك 5 محاذاة جيدة على قدم المساواة ، فسيتم تصنيف 4 منها على أنها "ثانوية" ولن يتم تصنيف إحداها ، وهي "المحاذاة الأولية". "النتائج غير الأساسية" هي إذن طريقة غريبة لقول "محاذاة ثانوية". عدد المحاذاة الأولية يساوي عدد القراءات التي تمت محاذاتها.