معلومة

إنشاء سطح شبكي من بنية البروتين


ما هي الأدوات الأكثر استخدامًا لتوليد سطح شبكي للبروتين من بنية بلورية بأشعة إكس (من PDB)؟ الإيجابيات والسلبيات موضع تقدير.

أفضل أن يكون الناتج عبارة عن شبكة مثلثة مانعة لتسرب الماء من سطح البروتين. أيضًا ، أود أن تكون الأداة قابلة للبرمجة (أي لا داعي لفتح واجهة المستخدم الرسومية).

حتى الآن ، كنت ألعب مع MSMS و EDTSurf. لكني كنت أتساءل ما هو المعيار في البحث ، وكذلك إذا كان هناك أي شيء في مكتبات المعلومات الحيوية القياسية.


يمكن لـ PyMOL و Chimera القيام بذلك ، ويمكن أن يكون كلاهما مدفوعًا بالبرنامج النصي. ويكي PyMOL مليء بالأمثلة ، وربما يكون لديه بالفعل بعض الكيفية التي ستبدأ بها. يحتوي Chimera أيضًا على وثائق كاملة.


البيولوجيا الهيكلية لمستقبلات البروتين G: فرص جديدة من XFELs و cryoEM

أدت التطورات الحديثة في cryoEM و XFELs إلى تسريع الدراسات الهيكلية لـ GPCRs.

مكّنت XFELs هياكل خالية من التلف بدرجة حرارة الغرفة من بلورات بحجم ميكرومتر.

أظهر CryoEM قدرته على توضيح مجمعات إشارات GPCR.

يعد كل من cryoEM و XFELs بإلقاء الضوء على الديناميكيات الهيكلية لـ GPCRs.

تتوسط المستقبلات المقترنة بالبروتين G في إرسال الإشارات الخلوية وتنظم غالبية العمليات الحسية والفسيولوجية في جسم الإنسان. أدت الاختراقات الحديثة في مجهر الإلكترون بالتبريد والليزر الإلكتروني الخالي من الأشعة السينية إلى تسريع الدراسات الهيكلية للمستقبلات التي يصعب بلورتها ومجمعات إشاراتها ، وفتحت فرصًا جديدة في فهم الديناميات التوافقية وتصور عملية تنشيط المستقبلات باستخدام مكاني غير مسبوق والقرار الزمني. هنا ، نلخص المعالم الرئيسية والتحديات المرتبطة بتطبيق هذه التقنيات وتحديد الاتجاهات المستقبلية في تطورها مع التركيز على البيولوجيا الهيكلية لبروتين الغشاء.


خلفية

تجذب أسطح البروتين العديد من الدراسات لأنها موقع الارتباط الجزيئي والتفاعل الأنزيمي. حتى الآن تستخدم هذه الدراسات ثلاثة مستويات من تمثيلات سطح البروتين. الأقدم يمثل السطوح كمجموعات من الذرات المكشوفة [1]. البديل الشائع هو تمثيل الأسطح بمجموعات من نقاط الشبكة [2-4] التي تنعم سطوح الذرة المكشوفة. أخيرًا ، قد تكون مجموعات نقاط الشبكة محببة بشكل خشن بالطرق المعتمدة على الواصف [5-7] التي تسمح بإجراء مقارنات سريعة بين الأسطح وبقع السطح. عملت هذه التمثيلات كبنية تحتية للعديد من الدراسات التي تحلل الكهرباء الساكنة السطحية [8 ، 9] ، وتتنبأ بالبقايا التحفيزية والمواقع النشطة [10] ، وتميز مواقع الربط للروابط الصغيرة بالإضافة إلى البروتينات الأخرى (للمراجعات الأخيرة ، انظر [7 ، 11 ، 12]). بينما تشير هذه الدراسات إلى اتجاه رئيسي في التعليق التوضيحي والتنبؤ بوظيفة البروتين ، يتم تجاهل الأسطح عمليًا في تنبؤ بنية البروتين. على وجه التحديد ، لسنا على علم بأي دراسة حاولت تقييم أسطح النماذج الناتجة عن طرق التنبؤ. هذا أمر مثير للدهشة إلى حد ما حيث أن أحد الأهداف النهائية للتنبؤ بالبنية هو السماح بالتعليق التوضيحي الوظيفي للبروتينات المستهدفة ودعم التصميم القائم على الهيكل للروابط والطفرات [13]. تقترح الدراسة الحالية نهجًا معقولًا لتقييم أسطح النموذج وتقارن دقة السطح مع المقاييس القياسية القائمة على العمود الفقري مثل انحراف الجذر التربيعي (RMSD) [14] أو اختبار المسافة العالمية - إجمالي النقاط [15].

على الرغم من أهمية التمثيلات الدقيقة لأسطح البروتين ، فإن تعقيدها يستدعي الحبيبات الخشنة ، أو التجريد ، يمكن لمنظور أكثر خشونة أن يكشف عن رؤى جديدة حول بنية السطح التي تحجبها وفرة من التفاصيل الدقيقة. اقترح خطان سابقان من الدراسة ، [16-18] و [19-21] ، تمثيل الحبيبات الخشنة لأسطح البروتين باستخدام فكرة البقع السطحية. كانت مقاربتهم للمشكلة مختلفة بشكل ملحوظ ، مما يعكس الأهداف المختلفة لهذه الدراسات. جونز وثورنتون [16 ، 17] ولاحقًا ألبو وآخرون. [18] حددت البقع السطحية على أنها مجموعات متداخلة من بقايا السطح القريبة ، وقارن رقع موقع الارتباط مع تلك غير الملزمة لتوصيف وتوقع مواقع تفاعل البروتين والبروتين [22]. Baldacci وآخرون. [19 ، 20] حددت بقع السطح على أنها مجموعات غير متداخلة من نقاط السطح المتجانسة والمتصلة وصنفتها إلى اثني عشر نوعًا محددًا مسبقًا. لقد استخدموا تقنيات استخراج البيانات على هذه الرقع لتحديد التشابه الهيكلي والارتباط التطوري المعقول بين البروتينات. نظرًا لأن كلا التطبيقين لمفهوم التصحيح السطحي مصممان بإحكام لهدفهما المحدد ، فمن الصعب رؤية كيف يمكن استخدامهما في سياق مختلف.

نقدم هنا تمثيلًا أكثر عمومية للبقع السطحية ، مستوحى من الدور المركزي للتكتل في دراسة شظايا البروتين (أي الأجزاء الهيكلية المتجاورة على طول سلسلة البروتين) [23]. تم استخدام الأجزاء التمثيلية ، المستخرجة عن طريق تجميع مجموعات البيانات الكبيرة لشظايا بنية البروتين ، لمجموعة واسعة من التطبيقات بما في ذلك: دراسات علاقات التسلسل / الهيكل [24 ، 25] ، محاذاة التسلسل [26] ، المقارنة الهيكلية والتصنيف [27] ، رسم خرائط على نطاق واسع لمساحة أضعاف البروتينات [28] ، وللتنبؤ ببنية البروتين [26 ، 29]. هنا ، نستخدم خوارزمية التجميع K-mean ++ [30] لإنشاء مكتبة من بقع سطح البروتين التمثيلية التي تحدث عادة في بنك بيانات البروتين (PDB). لإثبات فائدة نهجنا ، نقوم بتحديد الاختلافات بين أسطح هياكل البروتين الأصلية وتلك الخاصة بالشراك الخداعية الناتجة عن أحدث طرق التنبؤ بالهيكل. نقترح أيضًا مجموعة متنوعة من التطبيقات الأخرى للبحث في المستقبل.

باختصار ، الرقعة السطحية في هذه الدراسة عبارة عن مجموعة من الذرات السطحية داخل نصف قطر معين حول سطح β- كربون ، يُشار إليها بالمحور (الشكل 1). المسافة بين بقعتين هي الانحراف التربيعي لمتوسط ​​الجذر (RMSD) بين ذراتهما في إطار رسم خرائط يحافظ على الهوية الكيميائية. تعتبر أزواج البقع ذات التركيبات الكيميائية المختلفة بعيدة بشكل لا نهائي. تستخدم خوارزمية ++ K-mean هذه المسافة لتقسيم مجموعة بيانات كبيرة من التصحيحات إلى ك = 350 مجموعة متجانسة هيكلياً. تشكل النقط الوسطى لهذه المجموعات مكتبتنا (الشكل 2) ، والتي تلتقط السمات الحقيقية لأسطح الهياكل الأصلية (الشكل 3).

رسم توضيحي للبقع السطحية المستخرجة من التركيب البلوري لمركب الأسباراجين (12AS). (أ) ذرات البروتين ، مشفرة بالألوان عن طريق التعرض للمذيبات من التعرض (الأحمر) إلى المدفون (الأزرق). تتكون الرقعة السطحية من جميع الذرات المكشوفة داخل كرة نصف قطرها ص = 7Å (أخضر) حول سطح مركزي β-carbon (تم تكبير المحور للتوضيح). (ب) سطح رقعة واحدة. (ج) تتداخل البقع المجاورة على سطح البروتين عادةً (تمثل الكرات الأرجواني الصغيرة محاور).

بناء مكتبة التصحيح. (أ) أولاً ، نقوم باستخراج البقع السطحية من مجموعة البيانات التي تم تمييزها بواسطة كرات صغيرة في التصحيح. (ب) ثم نقوم بتجميع الرقع في ك مجموعات ذرات البقع في كل كتلة متراكبة على النقطه الوسطى العنقودية. من أجل الوضوح ، نحذف الأسطح ونجعل ذرات كل رقعة في الكتلة بلون مختلف. (ج) يتم تمثيل مكتبة التصحيح السطحي بواسطة النقط الوسطى العنقودية.

التوزيعات التراكمية لمسافة البقع الأصلية والشرك إلى أقرب النقطه الوسطى العنقودية في مكتبة رقعة السطح. يختلف ملاءمة مكتبة التصحيحات من الهياكل الأصلية (باللون الأزرق المتقطع والأسود الصلب) اختلافًا كبيرًا عن تلك الموجودة في نماذج خادم CASP8 (ص& lt 10 -42 بواسطة اختبار مجموع رتبة ويلكوكسون).


المقدمة

تم تحويل مجال البيولوجيا الهيكلية من خلال التقدم المتكرر في التكنولوجيا لكل جانب من جوانب خط أنابيب تحديد الهيكل منذ أن تم إنشاء بنك بيانات البروتين (PDB) في عام 1971 (1) كأول مصدر بيانات رقمي مفتوح الوصول في علم الأحياء (2– 6). بدءًا من سبعة هياكل بروتينية فقط ، تضخم أرشيف PDB إلى & gt145000 بنية من البروتينات ، والحمض النووي ، والحمض النووي الريبي ، ومجمعاتها مع أيونات معدنية وروابط جزيئية صغيرة (بإجمالي يصل إلى مليار ذرة).

اليوم ، يُنظر إلى PDB عالميًا كمورد أساسي لعلوم البيانات ذي أهمية أساسية لمجتمع علوم الحياة الأوسع والحفاظ على المدى الطويل على البيانات البيولوجية المقروءة آليًا. هياكل PDB هي جزيئات الحياة. تعد معرفة الهياكل (الأشكال) ثلاثية الأبعاد للجزيئات الحيوية ، وكيف تتطور بمرور الوقت وكيف تعمل في الطبيعة أمرًا ضروريًا لفهم المجالات الحاسمة للعلم. تؤثر بيانات PDB على البحوث الأساسية والتطبيقية على صحة وأمراض البشر والحيوانات والنباتات وإنتاج الغذاء والطاقة وغيرها من البحوث المتعلقة بالازدهار العالمي والاستدامة البيئية (7). تعد بيانات الهيكل مهمة أيضًا لشركات الأدوية الحيوية والتكنولوجيا الحيوية ، مما يؤدي إلى تسريع اكتشاف العقاقير والمواد والأجهزة الجديدة التي تعتمد على البيانات. اليوم ، تعمل مرافق الأشعة السينية النبضية القوية ، والمجاهر الإلكترونية المبردة والطرق التكاملية / الهجينة الجديدة لتحديد البنية على تسريع البحث الطبي الحيوي مع رؤى وظيفية للأنظمة البيولوجية الأكثر تعقيدًا على المستوى الذري. حتى أن التصوير المقطعي بالإلكترون بالتبريد يسمح بدراسة الآلات الجزيئية "الملتقطة أثناء الفعل" داخل الخلايا المجمدة.

منذ عام 1999 ، تم تمويل البحوث التعاونية لبنك بيانات البروتينات الحيوية الهيكلية (RCSB PDB ، rcsb.org) (3 ، 7 ، 8) من قبل NSF والمعاهد الوطنية للصحة ووزارة الطاقة لحماية ورعاية أرشيف PDB وتوفير الوصول المفتوح إلى بيانات PDB . يعكس هذا الالتزام الدائم الأهمية الحاسمة لبيانات الهيكل للبحث الأساسي والتطبيقي في علم الأحياء الأساسي والطب الحيوي والتكنولوجيا الحيوية والطاقة. بصفته مشرفًا مخلصًا لبيانات PDB ، قام RCSB PDB بتحويل كيفية إدارة المورد باعتباره منفعة عامة عالمية وكيف يتم التحقق من صحة بيانات الهيكل بخبرة ومعالجتها حيويًا عند المساهمة بواسطة & gt30 000 PDB مستودعي البيانات (2) المخزنة في قاعدة بيانات علائقية باستخدام معيار بيانات مشترك قابل للتوسيع و (3) معبأة وتسليم إلى & GT1 مليون PDB مستهلكو البيانات. في الوقت نفسه ، تواكب RCSB PDB التطورات التقنية الحاسمة في علم البلورات الجزيئي الكبير (MX) والتحليل الطيفي المغناطيسي النووي (NMR) والتطورات المثيرة لطرق تحديد الهيكل الجديد [علم البلورات بالأشعة السينية بالأشعة السينية والفيمتو ثانية المجهر الإلكتروني (3DEM)] ، بينما إشراك الخبراء الدوليين وتنفيذ معايير المجتمع لتمثيل البيانات والتحقق من صحتها.

تتناول بيانات PDB أسئلة بحثية مهمة في التخصصات العلمية التي تتراوح من الزراعة إلى علم الحيوان (9 ، 10). يوفر RCSB PDB قيمة كبيرة لـ PDB مستهلكو البيانات تقديم رؤى مهمة تتجاوز محتوى ونطاق المنشور العلمي الأصلي. يوفر موقع RCSB PDB (rcsb.org) للباحثين متجرًا شاملاً لبيانات البنية ثلاثية الأبعاد. لكل بنية PDB ، تدمج RCSB PDB البيانات ذات الصلة كل أسبوع من 40 من الموارد الخارجية وتقدم أدوات تصور التسلسل والبنية ثلاثية الأبعاد للباحثين والمعلمين والطلاب. يتيح هذا المزيج الفريد من الوصول المفتوح إلى البيانات الأولية والمتكاملة بالإضافة إلى تحليل البيانات وأدوات تصور الهيكل رؤى ثلاثية الأبعاد في الهيكل والوظيفة الجزيئية. يوفر RCSB PDB أيضًا أدوات لفهم مجموعات هياكل PDB ، والتي بدورها تتيح استكشاف البروتينات من كائنات مختلفة تضيء التطور على المستويات الذرية والجزيئية. على موقع الويب التعليمي PDB-101 (pdb101.rcsb.org) ، يوفر RCSB PDB مواد تمهيدية تشرح أساسيات الأساليب التجريبية لبنية البروتين والحمض النووي والحمض النووي الريبي المستخدمة لإنشاء هياكل PDB والقصص الجزيئية التي تسلط الضوء على البيولوجيا الأساسية والطب الحيوي والطاقة والتكنولوجيا الحيوية والأدوية اكتشاف. تؤكد مقاييس استخدام وتأثير RCSB PDB الجذابة على أهمية هذا المورد للعلم والمجتمع ، بما في ذلك & GT110.000 هياكل PDB الفردية التي تساهم بالبيانات لما يقرب من مليون منشور علمي (اعتبارًا من فبراير 2018) و GT1 مليون مستهلك بيانات PDB خدمهم rcsb.org في عام 2017 680 مليون ملف بيانات تم تنزيلها من أرشيف PDB في عام 2017 و GT620000 مستهلك بيانات PDB يخدمها pdb101.rcsb.org في عام 2017 وبيانات PDB التي أعيد استخدامها بواسطة & gt400 موارد خارجية في عام 2017 (7 ، 10).

في عام 2003 ، لضمان الاستدامة طويلة الأجل لأرشيف PDB ، عملت RCSB PDB في الولايات المتحدة مع شركاء ممولين محليًا في أوروبا (بنك بيانات البروتين في أوروبا ، PDBe (11)) وآسيا (بنك بيانات البروتين الياباني ، PDBj (12) ) لتشكيل بنك بيانات البروتين العالمي (wwPDB ، wwpdb.org) (2 ، 5). يدير wwPDB الأرشيف بشكل مشترك وفقًا لأفضل الممارسات ، والمعروفة باسم عدل مبادئ (يقف ل Fغير قابل-أسيسيل-أناغير قابل للتشغيل-صسهل الاستخدام (13)). ال عدل المبادئ ، التي طورها ممثلون من الأوساط الأكاديمية ، والصناعة ، ووكالات التمويل والنشر ، توفر إرشادات لمستودعات البيانات لتقديم أفضل دعم للمستخدمين وإعادة استخدام البيانات. لقد ضمن تشكيل wwPDB أن الباحثين والمعلمين والطلاب في جميع أنحاء العالم يتمتعون بالوصول المفتوح إلى بيانات الهيكل العالمي باتباع هذه الإرشادات. كما أتاح تشكيل wwPDB المشاركة العادلة في أرشفة بيانات PDB وتكاليف الإدارة بين الولايات المتحدة وأوروبا وآسيا.

منذ آخر أعمالنا بحوث الأحماض النووية منشور إصدار قاعدة البيانات (8) ، تمت إعادة تنظيم أنشطة RCSB PDB في أربع خدمات بنية تحتية إلكترونية متكاملة ومترابطة ، وتم ترقية أجهزة وبرامج RCSB PDB وأدخلت أدوات وموارد جديدة.


إن التوافر الأخير لهياكل الأشعة السينية لمستقبلات Family AG المقترنة بالبروتين (GPCRs) المرتبط بجزيئات متعددة (GPCRs) في مطابقة متعددة (شكل غير نشط مع مضاد / ناهض عكسي مرتبط وشكل نشط مع ناهض) يتيح الآن جهود تصميم الأدوية العقلانية التي تاريخيا تم تطبيقها على أهداف الإنزيم القابل للذوبان. هنا ، نراجع خصائص مواقع ربط GPCR هذه ، باستخدام مزيج فريد من الخصائص الفيزيائية والكيميائية المحسوبة وطاقة المياه (GRID و WaterMap و SZMAP) لتوفير منظور جديد وتقييم منطقي لإمكانية الدواء لكل موقع ربط هدف GPCR. تم وصف أمثلة من عدة أنظمة إنزيم مدروسة جيدًا لدعم هذا النهج المتقدم القائم على الهيكل لتقييم قابلية الدواء ومقارنة خصائصها مع خصائص GPCRs. تمت مناقشة التغييرات في مطابقة المستقبل بين الأشكال غير النشطة والفعالة من GPCR الواضحة من هياكل البروتين ، مما أسفر عن مؤشرات مهمة لتصميم الأدوية العقلاني للمضادات والمنبهات وفهم أفضل لتنشيط GPCR.

ساهم هؤلاء المؤلفون بالتساوي في هذه الورقة.


المحلول؟

لحل هذه المشكلة ، يولد HOLLOW سطحًا من "قالب" لسطح البروتين. يملأ هولو الفراغات الداخلية لبنية بروتينية بذرات وهمية محددة على شبكة متداخلة. يمكن إظهار أن السطح الذي تولده هذه الذرات الوهمية يعيد إنتاج سطح البروتين عند الحد المثالي.

يسمح لنا استخدام سطح الذرات الوهمية بالتركيز على قطعة معينة من السطح الداخلي. ببساطة عن طريق حذف الذرات الوهمية ، يمكن تقليم السطح الداخلي لإنتاج جزء مخصص من المساحة الداخلية.

يمكن استخدام الجزء المخصص من المساحة لإنشاء أسطح داخلية مثل سطح القناة لقناة الأمونيا. للتلوين المتقدم للسطح ، يمكن حساب العامل B للذرات الوهمية على أنه متوسط ​​العامل B لذرات البروتين المحيطة بالذرات الوهمية. يسمح ذلك بنقل ألوان مختلفة للسطح من خلال حقل عامل B لملفات PDB.


يسلط الضوء

من المعروف أن فصل الطور يلعب دورًا في مجموعة متنوعة من العمليات الخلوية ، بما في ذلك تكوين عضيات عديمة الغشاء الكلاسيكية ، ومجمعات الإشارة ، والهيكل الخلوي ، والعديد من التجمعات فوق الجزيئية الأخرى.

يوفر مفهوم فصل الطور إطارًا جديدًا لفهمنا للدور الوظيفي لانحلال التسلسل (التعقيد المنخفض) واضطراب البروتين.

تشير الأدلة المتراكمة إلى الدور الرئيسي لتحولات الطور في الأمراض البشرية المرتبطة بتجمع البروتين ، وإلى سوء تنظيم العضيات عديمة الغشاء في المرض.

يمكن أن يؤدي فهم المبادئ الفيزيائية والتفاعلات الجزيئية وراء فصل طور البروتين إلى إلهام مواد حيوية جديدة.

تنظم الأجزاء الخلوية والعضيات المادة البيولوجية. يتم فصل معظم العضيات المعروفة بحد غشاء من البيئة المحيطة بها. هناك أيضًا العديد من العضيات التي لا تحتوي على أغشية وتشير الدراسات الحديثة إلى أن هذه العضيات ، وهي تجمعات فوق الجزيئية من البروتينات وجزيئات الحمض النووي الريبي ، تتشكل عبر فصل طور البروتين. ألقت الاكتشافات الحديثة الضوء على الخصائص الجزيئية وتشكيل وتنظيم ووظيفة العضيات عديمة الغشاء. بدأت مجموعة من التقنيات من بيولوجيا الخلية ، والفيزياء الحيوية ، والكيمياء الفيزيائية ، والبيولوجيا الهيكلية ، والمعلوماتية الحيوية في المساعدة في إنشاء المبادئ الجزيئية لمجال ناشئ ، مما يمهد الطريق لاكتشافات مثيرة ، بما في ذلك الأساليب العلاجية الجديدة لعلاج الشيخوخة. الاضطرابات.


دعم المعلومات

S1 Fig. توزيع مسافات 3DZD لأزواج البروتين من فئات طيات مختلفة في مجموعة بيانات البروتين أحادي السلسلة.

في الأعلى ، الرسم البياني لمسافات 3DZD للبروتينات من مجموعات مختلفة من فئات الطيات. تم الحصول على معلومات فئة أضعاف من قاعدة بيانات CATH. يُظهر المحور y جزء الأزواج الذي يقع في كل حاويات مسافة. يتم ملاحظة ذروتين للأزواج التي تتضمن عددًا قليلاً من الهياكل الثانوية (SS). لا يوجد سوى 28 سلسلة في فئة ss القليلة. تحتوي هذه السلاسل على نوعين تقريبًا من الأشكال ، إما مستطيلة أو كروية نسبيًا. تتوافق الذروة عند مسافة صغيرة نسبيًا مع أزواج داخل كل فئة ، بينما تتوافق الذروة عند مسافة كبيرة نسبيًا مع أزواج عبر فئتين. في الأسفل ، توزيع مسافة 3DZD يصل إلى حاوية من 4.0-5.0. يمثل المحور y الآن العدد الفعلي لأزواج البروتين.

S2 التين. رسوم بيانية لانحراف الأطوار لمجموعات البيانات أحادية السلسلة والمعقدة.

الخط الأزرق لمجموعة بيانات البروتين أحادية السلسلة ، بينما الخط البرتقالي مخصص لمجموعة البيانات المعقدة.

شكل S3 مقارنة بين 3DZD ومسافة Procrustes.

(أ) ، مقارنة بين المسافة الإقليدية لـ 3DZD ومسافة Procrustes لجميع أزواج 20 إهليلجيًا مع زيادة قيم الانحراف من 0.0 إلى 0.92. تم أخذ عينات 2500 نقطة على كل شكل بيضاوي بشكل موحد على الإحداثيات الكروية. تم تقسيم الزاويتين ، θ (0 إلى) و φ (0 إلى 2) بالتساوي إلى 50 فترة زمنية ، وتم وضع نقطة على السطح الإهليلجي لكل مجموعة من θ و. (B) ، تمت مقارنة مسافات 3DZD و Procrustes لـ 1،278 زوجًا من البروتين أحادي السلسلة لها نفس عدد الرؤوس في تمثيل شبكة المثلث السطحي. لحساب مسافة Procrustes لزوج بروتين ، تمت مطابقة أقرب أزواج نقطة السطح من البروتينين باستخدام خوارزمية مسودة نقطة متماسكة. (C) ، مثال على أزواج البروتين التي لها مسافة 3DZD كبيرة ومسافة Procrustes صغيرة. 2bwrA (رمز CATH: N / A) و 3ke3A (CATH: 3.40.640.10 ، 3.90.1150.10 ، هناك رمزان من رموز CATH لأن هذه بنية ذات مجالين). مسافة 3DZD: 13.88 مسافة Procrustes: 0.19. (D) ، مثال آخر من هذا القبيل لأزواج البروتين. 4gnrA (CATH: 3.40.50.2300 ، 3.40.50.2300) و 3 ga7A (CATH: 3.40.50.1820). مسافة 3DZD: 13.13 مسافة Procrustes: 0.18.

S4 Fig. مقارنة بين 3DZD و TM-Score في مجموعة البيانات أحادية السلسلة.

(أ) ، كل نقطة تمثل زوج بروتين. (ب) ، يتم تمثيل نفس البيانات بمعلومات الكثافة. (C) ، مثال لأزواج البروتين التي لها مسافة إقليدية ثلاثية الأبعاد صغيرة ولكن من فئات أضعاف مختلفة ، والفئة α والفئة. اليسار ، PDB ID: 1c3cA رمز CATH: 1.10.276.10. يمين ، 4jp0A ، 2.80.10.50. كانت المسافة الإقليدية لـ 3DZD 2.4 ، بينما كانت درجة TM 0.265. (D) ، مثال آخر على أزواج البروتين بمسافة إقليدية ثلاثية الأبعاد صغيرة ولكن من فئات أضعاف مختلفة ، والفئة β والفئة αβ. يسار ، 3a6rA 2.30.110.10. يمين ، 3 س 87 أ ، 3.40.50.1010. كانت المسافة الإقليدية لـ 3DZD 2.4 ، بينما كانت درجة TM 0.254.

S5 التين. قطع مؤامرات من مجموعات بيانات أحادية السلسلة ومعقدة.

يوضح الشكل أعلى 10 قيم ذاتية لمصفوفة التغاير مرتبة بترتيب تنازلي. يُظهر الإدخال جميع قيم eigenvalues ​​البالغ عددها 121. يتم تلوين القيم الذاتية لمجموعات البيانات أحادية السلسلة وسلسلة مفردة عالية التغطية والمعقدة باللون الأحمر والبرتقالي والأزرق ، على التوالي. يشير الانخفاض الحاد إلى قيمة eigenvalue الثالثة إلى أن إضافة قيم eigenvalue الرابعة والمزيد لا يضيف المزيد من المعلومات بشكل كبير.

بيانات S1. ملف مضغوط من ملفات 3DZD لمجموعات البيانات أحادية السلسلة والمعقدة.

فيلم S1. نظرة عامة على مساحة الشكل ثلاثي الأبعاد للبروتينات أحادية السلسلة.

مثل التمثيلات المستخدمة في الشكل 1 ، تتوافق كل نقطة مع بروتين. يشير لون النقطة إلى الانحراف المركزي من الأزرق إلى الأحمر لـ 0.0 (كرة) إلى 1.0 (شكل ممدود). تظهر المحاور الأول والثاني والثالث باللون الأسود والأخضر والبرتقالي على التوالي. اتجاهات مساحة الشكل المعروضة في هذا الفيلم هي بالترتيب التالي: الشكل 1A - & gt xy plane from z (+) - & gt xz plane from y (+) - & gt Fig 1D - & gt xz plane from y (-) - & gt الشكل 1 أ - & GT الشكل 2 أ - & GT الشكل 1 أ.

فيلم S2. نظرة عامة على مساحة الشكل ثلاثي الأبعاد للمجمعات.

مثل التمثيلات المعتمدة في الشكل 6 ، تتوافق كل نقطة مع مجمع. يشير لون النقطة إلى الانحراف المركزي من الأزرق إلى الأحمر لـ 0.0 (كرة) إلى 1.0 (شكل ممدود). تظهر المحاور الأول والثاني والثالث باللون الأسود والأخضر والبرتقالي على التوالي. اتجاهات مساحة الشكل المعروضة في هذا الفيلم هي بالترتيب التالي: الشكل 6A - & gt Fig 6C - & gt x-y plane from z (+) - & gt x-z plane from y (+) - & gt Fig 6D - & gt Fig 6A.

ملف S1 Pymol. مساحة الشكل ثلاثية الأبعاد للبروتينات أحادية السلسلة الموضحة في برنامج التصور الجزيئي Pymol.

Pymol هو عارض ثلاثي الأبعاد للهيكل الجزيئي الحيوي ومتاح مجانًا على https://pymol.org/2/. يمكن للقراء تنزيل برنامج Pymol وفتح ملف الجلسة في Pymol لتدوير مساحة الشكل ثلاثية الأبعاد. مثل فيلم الشكل 1 و S1 ، يتم تمثيل كل بروتين أحادي السلسلة كنقطة ملونة بقيمة الانحراف.

ملف S2 Pymol. توزيع عدد المجالات في مساحة الشكل أحادية السلسلة الموضحة في برنامج التصور الجزيئي Pymol.

يتبع تلوين النقاط نفس النمط مثل الشكل 4 أ و 4 ب. يتوافق الأحمر والأصفر والأخضر والسماوي والأزرق والوردي والأرجواني مع النطاقات 1 و 2 و 3 و 4 و 5 و 6 و 8 على التوالي.

ملف S3 Pymol. توزيع أطوال السلاسل في مساحة الشكل أحادية السلسلة الموضحة في برنامج التصور الجزيئي Pymol.

يتبع تلوين النقاط نفس النمط مثل الشكل 4C و 4 D. يظهر رمز اللون الذي يتراوح من اللون الأرجواني إلى الأخضر الطول (أي عدد الأحماض الأمينية) في البروتينات من القصير إلى الطويل. تم تصنيف الأطوال إلى اثني عشر صندوقًا ، 40-140 ، 140-240 ، وهكذا حتى 1140-1540.

ملف S4 Pymol. مساحة الشكل ثلاثي الأبعاد للمجمعات الموضحة في برنامج التصور الجزيئي Pymol.

رمز اللون هو نفسه المستخدم في الشكل 6 و S2 Movie. يتم تمثيل كل مجمع كنقطة ملونة بقيمة الانحراف.

ملف S5 Pymol. تراكب الفراغات أحادية السلسلة وشكل البروتين المعقدة الموضحة في برنامج التصور الجزيئي Pymol.

تمثل النقاط الحمراء بروتينات أحادية السلسلة. النقاط الزرقاء تمثل المجمعات. يتوافق هذا الملف مع الشكل 7.

ملف S6 Pymol. التناظر الهيكلي لمجمعات البروتين الموضحة في برنامج التصور الجزيئي Pymol.

رمز اللون هو نفسه المستخدم في الشكل 8. الهياكل غير المتماثلة ، أبيض C2 ، أحمر C3 ، أصفر C4-C5 ، أخضر C6-C15 ، سماوي. جميع التناظرات ثنائية السطوح (D2-D7) ملونة باللون الأزرق. رباعي السطوح وثماني السطوح ، إيكوساهدرا أرجواني ، برتقالي وحلزوني ، أسود. يعكس نصف قطر الكرات رقم التماثل بنصف قطر أكبر يستخدم للهياكل ذات العدد الأكبر.


الهيموغلوبين هو بروتين كروي قابل للذوبان في الماء ويتكون من سلسلتين من عديد الببتيد ألفا ، وسلاسل من عديد الببتيد من نوع ومجموعة هيم اصطناعية غير عضوية. وتتمثل مهمتها في حمل الأكسجين في الدم ، ويسهل ذلك وجود مجموعة الدم التي تحتوي على ( نص^ <2 +> ) أيون ، يمكن أن ترتبط به جزيئات الأكسجين.

الكولاجين هو بروتين ليفي يتكون من ثلاث سلاسل متعددة الببتيد ملفوفة حول بعضها البعض. كل من السلاسل الثلاث عبارة عن ملف بحد ذاته. تتشكل الروابط الهيدروجينية بين هذه الملفات ، والتي يبلغ طولها حوالي 1000 من الأحماض الأمينية ، مما يعطي الهيكل قوة. هذا مهم نظرًا لدور الكولاجين كبروتين هيكلي. تزداد هذه القوة من خلال حقيقة أن جزيئات الكولاجين تشكل مزيدًا من السلاسل مع جزيئات وتشكيل الكولاجين الأخرى روابط تساهمية متقاطعة مع بعضها البعض ، والتي تتدحرج على طول الجزيئات لزيادة الاستقرار. تلتف جزيئات الكولاجين حول بعضها البعض ألياف الكولاجين التي تشكل نفسها ألياف الكولاجين.


أحماض أمينية

البروتينات هي واحدة من أكثر الجزيئات العضوية وفرة في الأنظمة الحية ولديها مجموعة متنوعة من الوظائف لجميع الجزيئات الكبيرة. قد تكون البروتينات هيكلية أو تنظيمية أو مقلصة أو واقية قد تعمل في النقل أو التخزين أو الأغشية أو قد تكون سموم أو إنزيمات. قد تحتوي كل خلية في نظام حي على آلاف البروتينات ، ولكل منها وظيفة فريدة. تختلف هياكلها ، مثل وظائفها ، بشكل كبير. ومع ذلك ، فهي كلها بوليمرات أحماض أمينية، مرتبة في تسلسل خطي.

الشكل 1. تحتوي الأحماض الأمينية على كربون مركزي غير متماثل ترتبط به مجموعة أمينية ومجموعة كربوكسيل وذرة هيدروجين وسلسلة جانبية (مجموعة R).

أحماض أمينية هي المونومرات التي تتكون منها البروتينات. يحتوي كل حمض أميني على نفس البنية الأساسية ، والتي تتكون من ذرة كربون مركزية ، تُعرف أيضًا باسم ألفا (α) كربون مرتبط بمجموعة أمينية (NH2) ومجموعة كربوكسيل (COOH) وبذرة هيدروجين. يحتوي كل حمض أميني أيضًا على ذرة أخرى أو مجموعة ذرات مرتبطة بالذرة المركزية المعروفة باسم المجموعة R (الشكل 1).

اسم & # 8220 amino acid & # 8221 مشتق من حقيقة أنها تحتوي على كل من المجموعة الأمينية ومجموعة حمض الكربوكسيل في هيكلها الأساسي. كما ذكرنا ، هناك 20 من الأحماض الأمينية الموجودة في البروتينات. عشرة منها تعتبر أحماض أمينية أساسية في الإنسان لأن جسم الإنسان لا يستطيع إنتاجها ويتم الحصول عليها من النظام الغذائي.

لكل حمض أميني ، تختلف المجموعة R (أو السلسلة الجانبية) (الشكل 2).

سؤال الممارسة

الشكل 2. هناك 20 نوعًا من الأحماض الأمينية الشائعة الموجودة بشكل شائع في البروتينات ، ولكل منها مجموعة R مختلفة (مجموعة متغيرة) تحدد طبيعتها الكيميائية.

ما هي فئات الأحماض الأمينية التي تتوقع أن تجدها على سطح البروتين القابل للذوبان ، وأيها تتوقع أن تجده في الداخل؟ ما هو توزيع الأحماض الأمينية التي تتوقع أن تجدها في بروتين مضمن في طبقة ثنائية الدهون؟

تحدد الطبيعة الكيميائية للسلسلة الجانبية طبيعة الحمض الأميني (أي ما إذا كان حمضيًا أو أساسيًا أو قطبيًا أو غير قطبي). على سبيل المثال ، يحتوي جلايسين الأحماض الأمينية على ذرة هيدروجين مثل المجموعة R. الأحماض الأمينية مثل الفالين والميثيونين والألانين هي أحماض غير قطبية أو كارهة للماء بطبيعتها ، في حين أن الأحماض الأمينية مثل السيرين وثريونين وسيستين هي أحماض قطبية ولها سلاسل جانبية محبة للماء. السلاسل الجانبية لليسين والأرجينين مشحونة إيجابياً ، وبالتالي تُعرف هذه الأحماض الأمينية أيضًا باسم الأحماض الأمينية الأساسية. يحتوي Proline على مجموعة R مرتبطة بالمجموعة الأمينية ، وتشكل بنية تشبه الحلقة. يعتبر البرولين استثناءً للهيكل القياسي لحمض الأنيمو لأن مجموعته الأمينية ليست منفصلة عن السلسلة الجانبية (الشكل 2).

يتم تمثيل الأحماض الأمينية بحرف واحد كبير أو اختصار من ثلاثة أحرف. على سبيل المثال ، يُعرف valine بالحرف V أو الرمز المكون من ثلاثة أحرف val. كما أن بعض الأحماض الدهنية ضرورية لنظام غذائي ، فإن بعض الأحماض الأمينية ضرورية أيضًا. تُعرف باسم الأحماض الأمينية الأساسية ، وفي البشر تشمل الأيزولوسين ، والليوسين ، والسيستين. تشير الأحماض الأمينية الأساسية إلى تلك الضرورية لبناء البروتينات في الجسم ، على الرغم من أن الأحماض الأمينية لا ينتجها الجسم والتي تختلف من كائن حي إلى آخر.

الشكل 3. تشكيل السندات الببتيد هو تفاعل تخليقي الجفاف. ترتبط مجموعة الكربوكسيل لحمض أميني واحد بالمجموعة الأمينية للحمض الأميني الوارد. في هذه العملية ، يتم إطلاق جزيء من الماء.

يحدد تسلسل وعدد الأحماض الأمينية في النهاية شكل البروتين وحجمه ووظيفته. يرتبط كل حمض أميني بحمض أميني آخر بواسطة رابطة تساهمية ، تُعرف باسم الرابطة الببتيدية ، والتي تتكون من تفاعل الجفاف. تتحد مجموعة الكربوكسيل لحمض أميني واحد والمجموعة الأمينية للحمض الأميني الوارد ، مما يؤدي إلى إطلاق جزيء من الماء. الرابطة الناتجة هي رابطة الببتيد (الشكل 3).

تسمى المنتجات التي تشكلها هذه الروابط الببتيدات. مع انضمام المزيد من الأحماض الأمينية إلى هذه السلسلة المتنامية ، تُعرف السلسلة الناتجة باسم عديد الببتيد. يحتوي كل عديد ببتيد على مجموعة أمينية حرة في طرف واحد. تسمى هذه النهاية الطرف N ، أو المحطة الأمينية ، والطرف الآخر به مجموعة كربوكسيل حرة ، تُعرف أيضًا باسم C أو محطة الكربوكسيل. في حين أن المصطلحين متعدد الببتيد والبروتين يستخدمان أحيانًا بالتبادل ، فإن البولي ببتيد هو تقنيًا بوليمر من الأحماض الأمينية ، في حين أن مصطلح البروتين يستخدم لبولي ببتيد أو متعدد الببتيدات التي تم دمجها معًا ، وغالبًا ما يكون لها مجموعات صناعية غير ببتيدية مرتبطة ، ولها شكل مميز ، ولها وظيفة فريدة. بعد تخليق البروتين (الترجمة) ، يتم تعديل معظم البروتينات. تُعرف هذه باسم التعديلات اللاحقة للترجمة. قد تخضع للانقسام أو الفسفرة أو قد تتطلب إضافة مجموعات كيميائية أخرى. فقط بعد هذه التعديلات يعمل البروتين بشكل كامل.

الأهمية التطورية للسيتوكروم ج

السيتوكروم ج هو عنصر مهم في سلسلة نقل الإلكترون ، وهو جزء من التنفس الخلوي ، ويوجد عادة في العضية الخلوية ، الميتوكوندريا. يحتوي هذا البروتين على مجموعة اصطناعية من الهيم ، ويتم تقليل وتأكسد الأيون المركزي للهيم بالتناوب أثناء نقل الإلكترون. نظرًا لأن هذا البروتين الأساسي ودور # 8217s في إنتاج الطاقة الخلوية أمر بالغ الأهمية ، فقد تغير قليلاً جدًا على مدى ملايين السنين. أظهر تسلسل البروتين أن هناك قدرًا كبيرًا من تماثل تسلسل الأحماض الأمينية السيتوكروم ج بين الأنواع المختلفة بمعنى آخر ، يمكن تقييم القرابة التطورية عن طريق قياس أوجه التشابه أو الاختلافات بين الأنواع المختلفة & # 8217 تسلسل الحمض النووي أو البروتين.

قرر العلماء أن السيتوكروم ج البشري يحتوي على 104 من الأحماض الأمينية. لكل جزيء سيتوكروم ج من كائنات مختلفة تم تسلسلها حتى الآن ، يظهر 37 من هذه الأحماض الأمينية في نفس الموضع في جميع عينات السيتوكروم ج. يشير هذا إلى أنه ربما كان هناك سلف مشترك. عند مقارنة تسلسل البروتين البشري والشمبانزي ، لم يتم العثور على اختلاف في التسلسل. عندما تمت مقارنة متواليات القرد البشري والقرد الريسي ، كان الاختلاف الوحيد الموجود في حمض أميني واحد. في مقارنة أخرى ، يظهر تسلسل الإنسان إلى الخميرة اختلافًا في المركز 44.


دعم المعلومات

شكل S1 ثلاث واجهات مختلفة لـ NTD M1 تم الكشف عنها بواسطة علم البلورات بالأشعة السينية السابقة.

تظهر (أ) واجهة تناظر C2 ، موجودة في هيكل PDB: 1AA7 [14] ، و (B) واجهات جانبية مكدسة و (C) موجودة في هيكل PDB: 1EA3 [15]. تظهر بقايا اللايسين ، المستخدمة أدناه في تحليلات التشابك ، باللون الأحمر. تظهر المواقع الافتراضية لـ CTDs باللون الأخضر. CTD ، المجال الطرفي C M1 ، بروتين المصفوفة 1 NTD ، المجال الطرفي N PDB ، بنك بيانات البروتين

S2 التين. Cryo-EM لأوليجومرات البروتين WT-M1.

(أ) صورة مجهرية تمثيلية cryo-EM من أوليغومرات WT-M1. (ب) تحويل فورييه للصورة في (أ) يظهر خطوط الطبقة. يشير خط الطبقة الأول إلى درجة حلزونية 111-Å لأوليجومير WT-M1. (C) متوسطات الفئة ثنائية الأبعاد التي تركز على مركز المقاطع الحلزونية تظهر عدم تجانس كبير للكثافة الإضافية على جانبي الطبقة الخارجية للخيوط. cryo-EM ، المجهر الإلكتروني المبرد M1 ، بروتين المصفوفة 1 WT-M1 ، الطول الكامل PR8 M1.

S3 Fig. M1 assembly is dependent on time as well as protein and NaCl concentration.

Negative-stain electron micrographs (A) after 2 h and (B) 24 h of incubation at the indicated concentrations of protein in the presence of 2 M NaCl. (C) Negative-stain electron micrographs following 24-h incubations of 10.8 μM M1 assembled at NaCl concentrations indicated. Scale bar = 5,000 Å. M1, matrix protein 1

S4 Fig. Cryo-EM helical reconstruction of M1-V97K filaments.

(A) Fourier transform of a representative micrograph that shows the water ring. (B) Layer line indexing. (C) Representative 2D class averages. (D) Local resolution of the M1-V97K asymmetric unit. (E) FSC curve shows 3.4 Å resolution using the 0.143 cutoff. cryo-EM, cryo-electron microscopy FSC, Fourier shell correlation M1, matrix protein 1

S5 Fig. Discovered crosslinks map well to the M1-V97K structure.

(A) Ribbon representation of one M1-V97K protein in the same orientations as shown in Fig 5, displaying the discovered crosslinks applying the same color scheme as in Fig 4. Lysine residues are shown as orange sticks. (B) Same as in (A), except only green and red crosslinks are displayed to highlight crosslinks formed by lysine K242 and K252, located on flexible loop L12. M1, matrix protein 1

S6 Fig. M1-V97K cryo-EM structure reveals molecular interactions between adjacent monomers.

(A) A group of 6 asymmetric units with the lower strand identified as N (pink), N + 1 (red), and N + 2 (cyan) and the upper strand identified as N + 22 (green), N + 23 (yellow), and N + 24 (blue). Dotted circles highlight 3 groups of intermolecular interactions. (B) Interactions between N CTD and N + 23 NTD at the interstrand interface. Five residues T167–169, N170, and R174 from N participate in a hydrophobic pocket that also contains Q75 from N + 23. (C) Interactions between NTDs of 2 adjacent asymmetric units N + 23 and N + 24. Residues L3, L4, T140, and F144 from N + 24 form a hydrophobic pocket with I51 from N + 23. (D) Connecting loop CL9 and helix α10 from the CTD of N + 23 interact with N + 24 NTD via hydrogen bonds and hydrophobic interactions. (E) Helices α11 and α12 from the CTD of N + 23 interact with N + 24 via hydrogen bonds, salt bridges, and hydrophobic interactions. Yellow dashed lines indicate hydrogen bonds and salt bridges. Orientations are altered to facilitate visualization. CL, connecting loop cryo-EM, cryo-electron microscopy CTD, C-terminal domain M1, matrix protein 1 NTD, N-terminal domain.

S7 Fig. Mutations of WT-M1 mapped onto the M1-V97K structure.

All residues mutated in the WT-M1 background are displayed as spheres in the context of the M1-V97K oligomer. Mutated residues that resulted in single-layered, no apparent, or multilayered oligomerization are displayed as red, blue, and orange spheres, respectively. Residue I51, at which mutations resulted in no apparent or multilayered oligomerization, is displayed in green. M1, matrix protein 1 WT-M1, full-length PR8 M1.

S8 Fig. Angles between stacked interfaces.

Comparison of the stacked interface between 2 subunits (gray) of the crystal structure of NTD M1 (PDB: 1EA3) [15] and the NTDs of 2 M1 subunits, N + 23 (yellow) and N + 24 (blue), of the cryo-EM structure of M1-V97K oligomers. The lack of superposition of the yellow and leftmost gray subunit reveals the slight alteration in the stacked interface between the NTD and full-length M1 structures. cryo-EM, cryo-electron microscopy M1, matrix protein 1 NTD, N-terminal domain PDB, Protein Data Bank

S9 Fig. Amino acid conservation between 3,544 IAV M1s.

Amino acids are shown with each residue colored by its conservation score, as calculated using the ConSurf server. M1, matrix protein 1

S10 Fig. Orientation and dimensions of 1 monomeric subunit within the M1-V97K filament.

Shown are 3 adjacent subunits within the M1-V97K tube with the stacked interface between M1 monomers indicated. A box highlights the length and width of the yellow subunit. The NTD is pointed towards the outside of the tube. M1, matrix protein 1 NTD, N-terminal domain.

S11 Fig. pH sensitivity of WT-M1 and V97K-M1 oligomers.

(A) Negative-stain electron micrographs of WT-M1 (left) and V97K-M1 (right) oligomers that were pelleted and resuspended in buffer at pH 7 or 5.5 as indicated. (B) SDS-PAGE quantification of pellets (P) and supernatants (S) after resuspending WT-M1 and M1-V97K oligomers in buffer at pH 7 or 5.5. M1, matrix protein 1 WT-M1, full-length PR8 M1.

جدول S1. Protein–protein interfaces and crystallization conditions of all IAV NTD M1 structures deposited to the PDB at rcsb.org.

IAV, influenza A virus M1, matrix protein 1 NTD, N-terminal domain PDB, Protein Data Bank

الجدول S2. Related to Fig 3.

Mutations at the stacked, lateral, and C2-dimer interface.

S3 Table. Related to Fig 5.

Cryo-EM data collection, processing, and model refinement statistics of the WT-M1 and M1-V97K M1 filaments. cryo-EM, cryo-electron microscopy M1, matrix protein 1 WT-M1, full-length PR8 M1.

S1 Movie. Related to Fig 6.

M1 subunit interactions within the M1-V97K oligomer. M1, matrix protein 1

S1 Data. Related to Fig 4.

Raw MS data for M1 from M1-V97K oligomers. MS, mass spectrometry M1, matrix protein 1

S2 Data. Related to Fig 4.

Raw MS data for M1 from WT-M1 oligomers. MS, mass spectrometry M1, matrix protein 1 WT-M1, full-length PR8 M1.

S3 Data. Related to Fig 4.

Raw MS data for M1 from PR8 virions at pH 7. MS, mass spectrometry M1, matrix protein 1 PR8, A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)

S4 Data. Related to Fig 4.

Raw MS data for M1 from PR8 virions at pH 5.5. MS, mass spectrometry M1, matrix protein 1 PR8, A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)

S5 Data. Related to Fig 4.

Raw MS data for M1 from Udorn virions at pH 7. MS, mass spectrometry M1, matrix protein 1 Udorn, A/Udorn/1972(H3N2) filamentous virus

S6 Data. Related to Fig 4.

Raw MS data for M1 from Udorn virions at pH 5.5. MS, mass spectrometry M1, matrix protein 1 Udorn, A/Udorn/1972(H3N2) filamentous virus

S1 Raw Images.


شاهد الفيديو: التركيب الكيميائي للبروتينات: البنية الأولية والثانوية والثالثية والرابعية للبروتين (كانون الثاني 2022).